存货是确定构成主营业务成本核算的重要内容，对于产品成本、企业利润及所得税都有较大的影响。企业所得税法允许企业采用先进先出法、加权平均法或者个别计价法确定发出存货的实际成本，但不允许采用后进先出法。 选择不同的存货发出计价方法，会导致不同的销货成本和期末存货成本，产生不同的企业利润，进而影响各期所得税额。企业应根据自身所处的不同纳税期以及盈亏的不同情况选择不同的存货计价方法，使得成本费用的抵税效应得到充分的发挥。如，先进先出法适用于市场价格普遍处于下降趋势，可使期末存货价值较低，增加当期销货成本，减少当期应纳税所得额，延缓纳税时间。在企业普遍感到流动资金紧张时，延缓纳税无疑是从国家获取一笔无息，有利于企业资金周转。在通货膨胀情况下，先进先出法会虚增利润，增加企业的税收负担，不宜采用。
忽视筹划成本。任何税收筹划都有成本（即机会成本），在进行税收筹划减轻税负的同时，也会有相关成本支出。如企业运用转让定价方式减轻税收负担，就需要花费一定的人力、物力、财力在低税区或国际避税地设立机构；在税收筹划前进行必要的税务咨询，甚至需要聘用专业的税务为其策划等。又如通过化整为零的方式，将一般纳税人身份转换为小规模纳税人，就会因为不能使用增值税发票而丧失一部分客户。再如重新选择折旧计提方法和存货评价方式等，也要花费相应的成本。总之，在税收筹划时要进行“成本——效益分析”，以判断在经济上是否可行和必要。否则，很有可能得不偿失。
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